Je suis partisan moi aussi de la longueur variable. Tant que ce que tu avais à raconter dans ton chapitre est raconté, il n'est pas utile de le rallonger. Respecte ton squelette pré-établi et passe au chapitre suivant.
Personnellement, mes chapitres sont souvent relativement longs, genre 6000 à 7000, mais ce n'est pas issu d'une volonté d'uniformité. Je te conseille de raconter une grande phase de ton histoire par chapitre. Et sinon, de clôturer ton chapitre à un moment de l'histoire qui donnera envie au lecteur de lire le suivant.